El INEM “Francisco José de Caldas” debe su nombre al payanés llamado el sabio Caldas y comenzó a funcionar en septiembre de 1972, con 420 estudiantes del nivel I (grado sexto) distribuidos en 10 secciones o grupos y orientados por 27 docentes. Hizo parte de la segunda fase de creación de los INEM
Nuestra Institución ha contado con siete rectores, los cuales dejaron su impronta en cada uno de los años en que dirigieron a esta importante Institución. Desde el año 2013 y hasta la actualidad asume la rectoría el especialista William Macías Imbachi.
En la historia del INEM de Popayán no se puede olvidar los acontecimientos del 31 de marzo de 1983. El terremoto destruyó el noventa por ciento de la Institución, Gracias a la unidad, trabajo en equipo y sentido de pertenencia de todos los estamentos de la comunidad del INEM se logró construir unas aulas provisionales con carpas y plástico donadas por la organización Norteamérica Tallahassee y la empresa de flores Targa de Piendamó. En esas aulas improvisadas se laboró por espacio de 18 meses, soportando las inclemencias del clima y sólo después de conseguir el compromiso firmado de iniciar la reconstrucción, se trasladó el INEM a las instalaciones en obra negra del Instituto Toribio Maya. También allí la labor fue ardua y difícil. En mayo de 1986, el Gobierno Nacional entregó la nueva planta que alberga actualmente a la comunidad Inemita, a la cual regresamos con la memorable marcha del pupitre
Fueron tres años de grandes luchas, donde se escribieron las páginas más heroicas de la Institución. Recordamos con cariño y aprecio a los dos compañeros fallecidos en el terremoto, el médico del INEM Dr. Dionisio Arboleda y la psicóloga Norma Constanza Caicedo

El INEM de Popayán fue considerado pionero de las innovaciones educativas en el Departamento del Cauca en la década de los 70, 80 y 90, mientras dependíamos de la División Especial de los INEM.
En la actualidad se ofrecen más 15 programas y proyectos, que se orientan en contra jornada, entre los que se destacan: Proyectos deportivos, diseño gráfico, vida y valores, robótica, escuela de talentos artístico-culturales y el proyecto del punto vive digital. Como reconocimiento al trabajo realizado, ha obtenido numerosos premios y condecoraciones, tanto a nivel Regional como Nacional.
Nuestro Club deportivo aficionado “INEM Francisco José de Caldas”, se organiza inicialmente como un grupo de compañeros para poder participar en los Juegos Nacionales de Armenia en el año 1980, a los cuales fuimos invitados por primera vez, porque ampliaron a ocho INEM la participación de los cuatro que iniciaron. Fue reconocido oficialmente en 1984, mediante personería jurídica No. 43 del 11 de abril del mismo año.
Actualmente el club deportivo aficionado cuenta con 26 participantes, número que ha ido decreciendo por problemas de salud de los integrantes, jubilaciones y traslados y porque algunos docentes nuevos, no se sienten motivados.
Nuestra participación en los juegos Nacionales de la Confraternidad, ha sido extraordinaria y exitosa, abarca todas las disciplinas y modalidades deportivas, tanto en deportes de conjunto, equipo e individuales, con algunas excepciones en los deportes de la rama femenina. Hemos sido sede de los Juegos Nacionales en dos oportunidades, VI juegos en1986 XIII juegos en 2003
Nuestros logros y conquistan han sido a nivel regional y nacional. A nivel regional con la obtención de campeonatos y subcampeonatos de baloncesto, fútbol, voleibol y tejo. A nivel De los Juegos nacionales de la Confraternidad se han conquistado tres campeonatos de fútbol, Ibagué 1982, Manizales 2001 y Pereira 2003; un campeonato de baloncesto femenino Ibagué 2004; tres campeonatos de danzas Popayán 2003, Ibagué 2004 y Cali 2005; tres campeonatos en canto Popayán 2003, Ibagué 2004 y Cali 2005; un campeonato en ciclismo Cali 2005; un campeonato en tenis de mesa Popayán, 2003; un campeonato en tenis de campo Bucaramanga 2008; un campeonato de rana femenino Medellín 2016; cinco campeonatos de baloncesto masculino, Paipa 2013, Armenia 2018, Tunja 2019, Cartagena 2022 e Ibagué 2023. Se ha obtenido varios subcampeonatos y terceros puestos en baloncesto y voleibol masculino, en tejo, natación, atletismo y tenis de mesa.