El Inem de Neiva comenzó a operar con 400 estudiantes el 4 de abril de 1972 y fue oficialmente inaugurado por el Doctor Misael Pastrana Borrero el 13 de octubre de ese mismo año. Toma su nombre del ilustre humanista y académico neivano Julián Motta Salas quien falleció en Bogotá, el 1º de julio de 1972.
Pronto se constituyó en un referente de la educación en el departamento del Huila, cuna de la gimnasia huilense; es el único colegio del departamento que cuenta con cancha de fútbol y pista atlética, laboratorio de idiomas, aulas pedagógicas especializadas en los diferentes programas académicos y técnicos, teatro auditorio, tiene una planta docente especializada en cada una de las áreas del conocimiento, que permanentemente se actualiza.
Con 52 años de funcionamiento cuenta con una población de aproximadamente 14.000 egresados que se han especializado en diversas técnicas y profundizaciones, desde destacados juristas que han llegado a altos tribunales como la Jurisdicción Especial de Paz y el Consejo de Estado, connotados concertistas, docentes y deportistas, entre otros el mejor deportista del siglo XX en el Huila, Diego Omar Perdomo, numerosos científicos, administradores, economistas, médicos, todos ellos destacados en sus respectivas profesiones, siguiendo la filosofía inemita de servicio a la comunidad.

Sin embargo, mediante la Resolución 063 del 25 de marzo del 2003, la Alcaldía de Neiva, a la luz del Artículo 138 de la Ley 115 de 1994, que establecen parámetros para organizar Instituciones Educativas para ofrecer los niveles de Educación Preescolar, Básica y Media, concede reconocimiento Oficial al Inem y anexa los Centros Docentes de Cándido Leguizamon y Rodrigo Lara Bonilla, posteriormente se anexa el Colegio Mauricio Sánchez.
Estas carencias se fueron reflejando en lo pedagógico, al parecer solo nos queda el cascarón de mejores épocas. Sin embargo, y pese a la adversidad, actualmente la institución cuenta con profundizaciones y técnicas en articulación con el SENA, que permiten a los nuevos egresados obtener la doble titulación. Entre estas tenemos profundización en Ciencias Naturales, Matemáticas e inglés; técnicas en Contabilidad, Desarrollo de la Comunidad, Electricidad, Electrónica y Agropecuarias.